13岁的男孩和13岁的女孩发生性关系，同学关系，

13岁男孩和女孩自愿发生性关系违法，因未满十四周岁。依据《刑法》相关规定，与十四周岁以下未成年人发生性关系，无论自愿与否，均违法。若不及时处理，可能对受害者造成长期心理伤害，影响身心健康。
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此情况常见处理方式为报警或寻求法律援助。若涉及未成年人保护，应立即报警；若需法律咨询，可寻求专业律师帮助，了解具体法律责任及后果，以便妥善处理。
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违法，需处理。具体操作：1.立即停止侵害行为，保护未成年人权益；2.报警，由警方介入调查，确定法律责任；3.寻求律师帮助，了解法律后果，协商解决方案；4.关注未成年人心理状况，提供必要心理辅导。