半年后起诉离婚第二次，总的分居时间已经满两

您提到分居满两年后起诉离婚，但值得注意的是，根据《民法典》的相关规定，分居时间长短并非判定离婚的直接依据。分居满两年只是可以作为感情破裂的一个参考因素，但法院还是会综合考虑其他因素，如双方是否存在和好的可能等。因此，即便分居满两年，也不能直接判定离婚，仍需通过法律程序进行审理和裁决。
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从法律角度，要确保分居事实被法院认可，可以准备以下证据：签订夫妻分居书面协议，保留一方在外居住的房屋租赁合同，保存一方向另一方发出的书面分居文书，以及双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实。同时，周围亲戚朋友的证言也可以作为辅助证据。这些证据应真实、合法，并能在法律程序中得到有效呈现。
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如果分居期间双方仍有联系，这可能会影响离婚判决。因为分居的目的是为了证明双方感情已经破裂，如果期间还有联系，可能会被视为感情并未完全破裂的证据。但具体影响还需根据联系的内容和频率，以及法院对整体情况的判断来确定。